]> nmode's Git Repositories - Rnaught/blobdiff - README.md
Update README.md
[Rnaught] / README.md
index 4a85bfcca9d5260b7371720594bb8df08fb15477..b246302cffc477b5314a91ae6f56bea0068564bf 100644 (file)
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -8,4 +8,20 @@ reproduction number
 (*R*<sub>0</sub>)](https://en.wikipedia.org/wiki/Basic_reproduction_number)
 of infectious diseases.
 
-In progress…
+Currently, this estimation can be done in the web application via four different methods: 
+White and Panago (WP), sequential Bayes (seqB), incidence decay (ID), and incidence decay and exponential adjustment (IDEA).
+
+Datasets can be uploaded as a .csv file, or can be entered manually into the application.
+The data is visualized in the application through plots that show the case counts (either weekly or daily).
+If multiple datasets are uploaded/manually entered, the trends corresponding to these datasets are populated in the same plot and can be compared.
+This plot can be exported as a .png file.
+Further, the dataset entered can be exported into a .csv file.
+Two sample datasets are included: weekly Canadian COVID-19 case count data from March 3rd, 2020 to March 31st, 2020, and weekly Ontario COVID-19 case count data from March 3rd, 2020 to March 31st, 2020.
+
+To estimate the basic reproductive number, the user can choose their preferred estimator, and if applicable, must enter the known serial interval prior to estimation.
+If multiple estimates of the basic reproductive number are calculated, they are all included in a table where each row represents an estimate.
+If multiple datasets are being considered, the basic reproductive number is estimated for all datasets and the columns of the table correspond to the different datasets uploaded into the application.
+The table also consists of a column corresponding to the value of the serial interval. 
+This table can be exported as a .csv file. 
+
+In progress...